1、堆藏。堆藏是把选好的南瓜直接堆放在室内。堆放前地面先铺一层干草或麦秸，上面堆放南瓜。摆放的方向和生长时的状态相同，可将瓜蒂朝里，瓜顶朝外，依次堆码成圆堆，每堆15-25个，高度5-6个瓜高为好。同时留出通道，以便检查。
2、窖藏。窖藏的南瓜宜选用主蔓上第二个瓜，根瓜不宜作贮藏用。生育期间最好不使瓜直接着地，并要防止阳光暴晒。采收时谨防机械损伤，特别要禁止滚动、抛掷，否则内瓤震动受伤易导致腐烂。南瓜采收后宜在24℃-27℃下放置2周，使瓜皮硬化有利于贮藏，这对成熟度较差的瓜尤为重要。
3、架藏。架藏的仓位选择、质量挑选、降温、防寒和通风等要求与堆藏相同。所不同的是仓库内用木、竹或角铁搭成分层贮藏架，铺上草包，将瓜堆放在架上。或用板条箱垫一层麦秸作为容器。瓜放入后码成垛进行贮藏。这种方法透风散热效果比堆藏好，仓位容量也比堆藏大，观测、检查比较方便。